Новая группа астронавтов улетает с Земли в поисках предыдущей группы, о которой говорилось в первой части. Но корабль вновь терпит крушение, и выживает только один — сержант Брент.

Буквально сразу после крушения он находит Нову, и пытается узнать у неё, где Тейлор, так как у той был его армейский значок. По понятным причинам Нова не смогла ему ответить, и они вместе поехали в город обезьян, где, встретившись с Зирой и Корнелиусом, узнали, куда примерно пошёл Тейлор — а именно в так называемый «Заброшенный Город», который является Нью-Йорком. Попав в этот город, Брент оказывается в метро, где находит колонию уцелевших разумных людей-мутантов, которые общались друг с другом с помощью телепатии и поклонялись ядерной бомбе.

В это же время обезьяны пошли войной на город, и люди, использовав их единственное оружие — иллюзии — не смогли с ними справиться. Поэтому Брента отвели к Тейлору и с помощью своей телепатии заставили их драться. Но телепата отвлекла Нова, и Брент с Тейлором убили телепата. А потом в город пришли и обезьяны, и тем самым отвлекли остальных людей-мутантов. Брент и Тейлор смогли выбраться из клетки, попав в самое пекло битвы.

Последняя сцена проходит в зале молитв, где человек пытается запустить бомбу, но его убивают. Потом убивают Тейлора и Брента, и Тейлор, упав возле «красной кнопки» нажимает на неё, взрывая (как потом оказалось) всю планету.|Сюжет